Historia miasta sięga czasów Średniowiecza, gdy w 1255 roku zostało założone przez Zakon Krzyżacki. Tutaj powstał jeden z zamków krzyżackich, który w późniejszym okresie został siedzibą wielkiego marszałka zakonu. Miasto weszło w skład państwa krzyżackiego, stając się stolicą diecezji sambijskiej, jednej z czterech diecezji na obszarze Prus. Podbój okolicznych wsi Pruskich w 1273 roku przyczynił się do znacznego rozwoju miasta. Miasto miało wielkie znaczenie dla całego regionu, ponieważ był to jeden z większych portów w okolicy.
W 1454 roku 56 miast i stany pruskie wypowiedziały posłuszeństwo Krzyżakom. Król Polski Kazimierz IV Jagiellończyk utworzył województwo królewieckie, którego stolicą został Królewiec i włączył je do Polski. Pierwszym i jedynym wojewodą królewieckim był Ścibor Bażyński. 12 kwietnia 1455 miasto zostało odbite przez wojska krzyżackie, a województwo przestało istnieć. Podczas wojny trzynastoletniej od 1457 Królewiec stał się siedzibą wielkiego mistrza krzyżackiego (przeniesiona z Malborka).
Od czasów II pokoju toruńskiego, w latach 1466-1525, miasto było stolicą zależnych od Korony Królestwa Polskiego Prus Zakonnych. Po sekularyzacji zakonu krzyżackiego i hołdzie pruskim złożonym w 1525 przez wielkiego mistrza, królowi Zygmuntowi Staremu miasto stało się stolicą Prus Książęcych, zależnych od króla polskiego jako lenno. W 1618 Prusy Książęce przeszły we władanie elektorów Brandenburgii, a w 1657 uniezależniły się od I Rzeczypospolitej. Mimo formalnego zerwania więzi z Polską, a następnie nacisku germanizacyjnego, element polski na tych ziemiach nadal był obecny.
W 1701 elektor Brandenburgii koronował się w Królewcu na króla Prus jako Fryderyk I. wyniku koronacji ziemie pod władzą elektorów brandenburskich stały się częścią nowego Królestwa Prus. Królewiec był tylko miejscem koronacji, stolica państwa pozostała w Berlinie. Fryderyk Wilhelm I wydał 13 czerwca 1724 reglament ratuszowy, który scalał trzy miasta: Stare Miasto, Knipawę i Lipnik, wraz z należącymi do nich wolniznami w jedno miasto Królewiec, którego oficjalna nazwa brzmiała odtąd: Królewsko-Pruskie Stołeczne i Rezydencjonalne Miasto Królewiec.
W 1757 wybuchła wojna nazwana siedmioletnią. Zgodnie z porozumieniem między Austrią a Rosją carowa Elżbieta wydała 31 grudnia 1757 zarządzenie, na mocy którego wcieliła Królewiec do Rosji. Rosjanie opuścili miasto w marcu 1763. W 1871 miasto stało się częścią nowo utworzonego Cesarstwa Niemieckiego.
W 1933 powstał jeden z pierwszych hitlerowskich obozów koncentracyjnych w Quednau.
9 kwietnia 1945, po wielotygodniowym oblężeniu, miasto zostało zdobyte przez Armię Czerwoną. Oblężenie doprowadziło do zrujnowania substancji miasta i śmierci ponad 100 tys. cywilów. W wyniku konferencji poczdamskiej (1945) miasto znalazło się w granicach ZSRR i 4 czerwca 1946 jego nazwę zmieniono na „Kaliningrad”.
W 2011 roku, po dwustronnych rozmowach polsko-rosyjskich, na skutek wystąpienia strony polskiej do Komisji Europejskiej z wnioskiem o specjalne warunki dla umowy o małym ruchu granicznym z obwodem kaliningradzkim (stanowiącym po wstąpieniu Polski i Litwy do Unii Europejskiej w 2004 r. jej jedyną eksklawę), uzgodniono obustronny obszar strefy na cały obszar obwodu kaliningradzkiego, część województwa warmińsko-mazurskiego i część województwa pomorskiego wraz z miastem Gdańsk.
