W 1975 r. uczelni nadano imię gen. dyw. Bolesława Szareckiego. Tradycje WAM wywodzą się z przedwojennej Oficerskiej Szkoły Sanitarnej w Warszawie. W 1944 r. na lubelskim uniwersytecie utworzono Katedrę Medycyny Wojskowej, która działała do 1946 r. Jej funkcje przejęła założona w tym samym roku w Łodzi Wojskowo-Medyczna Szkoła Felczerów. W 1950 r. utworzono przy łódzkiej AM specjalny Fakultet Wojskowo-Medyczny będący zalążkiem WAM, której bazą kliniczną stały się szpitale MON w Łodzi przy ul. Żeromskiego oraz w Warszawie przy ul. Szaserów.
W latach 70 i 80 XX w. uczelnia rozwijała własną kadrę i bazę naukowo-dydaktyczną. Restrukturyzacja Sił Zbrojnych RP w latach 90., zwłaszcza ich liczebna redukcja, dla WAM oznaczała jej stopniową likwidację. Chcąc jednak utrzymać akademicki status i nie zaprzepaścić kilku dekad pracy naukowej, władze WAM podjęły rozmowy z Akademią Medyczną w Łodzi w sprawie utworzenia – poprzez połączenie obu uczelni – wspólnego Uniwersytetu Medycznego. Projekt ten jest realizowany od 2003 r. Działalność WAM jest obecnie kontynuowana przez Wydział Wojskowo-Lekarski UMed w Łodzi, a od 2008 r. na plac Hallera w Łodzi powrócili studenci medycyny w mundurach, którzy zdecydowali się podpisać umowę z MON.
