Pierwszym kinowym filmem Marczewskiego były „Zmory”; adaptacja powieści Emila Zegadłowicza została okrzyknięta jednym z najbardziej spektakularnych debiutów w polskim kinie – reżyser otrzymał za nią m.in. Nagrodę Główną Jury Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni, nagrodę im. Andrzeja Munka i nagrodę OCIC na Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w San Sebastián.
Do sugestywnie przedstawionej tematyki świata dziecięcego z jego emocjami, przeczuciami i fascynacjami powrócił trzy lata później w „Dreszczach” – niepokojącym obrazie dorastania w epoce stalinizmu, nagrodzonym Srebrnym Niedźwiedziem, nagrodą FIPRESCI, nagrodą OCIC i nagrodą Międzynarodowego Zrzeszenia Klubów Filmowych na MFF w Berlinie oraz Nagrodą Główną Jury FPFF w Gdyni.
W 1990 roku zrealizował film „Ucieczka z kina Wolność”, w którym rozprawiał się z absurdami życia w PRL-u. Dzieło zostało obsypane najważniejszymi laurami filmowymi w kraju, otrzymując Złote Lwy, oraz nagrody: dziennikarzy, Prezesa Komitetu d/s Radia i Telewizji i Szefa Kinematografii na FPFF w Gdyni, a także Złotą Kaczkę i Złotą Taśmę. W filmie „Weiser” (2000) powrócił do tematu dojrzewania.
Jest znakomitym pedagogiem – wykładał reżyserię w Niemczech, Danii, Szwajcarii i Holandii. Był dziekanem Wydziału Reżyserii w The National Film and TV School of Great Britain w Londynie. Od 1998 roku jest wykładowcą na Wydziale Reżyserii PWSFTviT w Łodzi. W roku 2001 uzyskał tytuł naukowy profesora sztuki filmowej. Jest współzałożycielem i jednym z głównych wykładowców działającej od 2002 roku w Warszawie Mistrzowskiej Szkoły Reżyserii Filmowej Andrzeja Wajdy (dziś Wajda School), w której pełni też funkcję Dyrektora Programowego.
Był opiekunem artystycznym wielu debiutów fabularnych, m.in. „Pogrzebu Kartofla” J. J. Kolskiego, „300 mil do nieba” M. Dejczera, „Balangi” Ł. Wylężałka, „Listu” D. Hasanovića, „Erratum” M. Lechkiego, i pomysłodawcą programu „30 minut”.
W latach 2008-2014 był członkiem Rady Polskiego Instytutu Sztuki Filmowej, w latach 2011-2014 jej przewodniczącym. Jest też członkiem Polskiej i Europejskiej Akademii Filmowej.
Od roku 2017 przewodniczący Rady Programowej Festiwalu Filmowego w Gdyni. Dwukrotnie uhonorowany Nagrodą Ministra Kultury. Odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi dla kultury narodowej oraz za osiągnięcia w twórczości artystycznej.
Gwiazda Wojciecha Marczewskiego została ufundowana przez Miasto Łódź w ramach projektu Łódź Miasto Filmu UNESCO. Wydarzenie towarzyszy tegorocznej odsłonie festiwalu Transatlantyk, podczas której zaplanowano retrospektywę Mistrza. Organizatorzy zapraszją łodzian na pokazy wszystkich filmów kinowych reżysera, w tym legendarną „Ucieczkę z kina ‘Wolność’”, której akcja toczy się w Łodzi, oraz dwóch mniej znanych filmów telewizyjnych: „Klucznik” oraz „Czas zdrady”. Twórca będzie gościem Festiwalu, a spotkania z nim będą częścią otwartego programu wydarzeń towarzyszących pokazom filmowym.
