To był dla naszego miasta trudny czas. Oprócz grabieży wojskowych, Łódź przeżyła także epidemię cholery. Rzecz miała miejsce w lutym 1661 roku. Kilkudziesięciu mieszczan łódzkich zmarło, m.in. rajcowie Koszek i Waśka. Energicznie działał burmistrz Jan Markowicz, sprowadzając konsyliarzy z Włocławka i Wolborza. Pomagając w pochówkach, sam się zaraził i zmarł. Kolejna epidemia dotarła do Łodzi w 1675 r. Przez burzliwy okres II połowy XVII wieku ubyło Łodzi 2/3 mieszkańców – z 600 osób w 1623 r. do ledwie 200 na początku XVIII w.
Kilka razy Łódź padła również ofiarą większych lub mniejszych pożarów. W 1572 roku ogień strawił 40 domów, czyli połowę miasta. Kolejne straty przyniósł pożar w 1666 r., a potem także w 1722 roku, kiedy spłonęło 25 domostw. W początkach XVIII wieku poważnie dotknęły je ponowne rekwizycje przeprowadzane przez wojska szwedzkie i saskie. Równie niespokojne były lata wojny o sukcesję po śmierci Augusta II, a później okres konfederacji barskiej. Dla rolników łódzkich, stanowiących większość mieszkańców, bardzo niebezpieczne były również zakaźne choroby zwierząt hodowlanych. Tak np. mieszkańcom Łodzi i okolicznych wsi poważnie dała się we znaki zaraza bydła w latach 1710-14, która wiele gospodarstw doprowadziła do upadku.
