W 1894 r. pojął za żonę Marię Helenę Geyer (1875-1947) – wnuczkę Ludwika Geyera. Otrzymawszy w posagu 40 tys. rubli kupił fabrykę Lewina Bary przy ul. Karola 19 (ul. Żwirki), w której po wojnie działały Zakłady Przemysłu Wełnianego „Norbelana”. Interesy szły świetnie, a jego fortuna szybko rosła, powiększona o nieruchomości i majątki ziemskie. Karol R. Eisert był także działaczem społecznym i filantropem, m.in. współzałożycielem szpitala w Kochanówce, fundatorem szkoły w Dłutowie i domu sióstr zakonnych Diakonis w Łodzi. Zasłynął również jako kolekcjoner dzieł sztuki. Przed śmiercią podarował 22 obrazy tworzonemu Muzeum Historii i Sztuki w Łodzi, z których 12 zaginęło podczas wojny, a pozostałe znajdują się w łódzkich zbiorach.
Po separacji z Marią Geyer ożenił się z Marią Małgorzatą z domu Feder, a potem trzeci raz z Dunką Ellen Christensen (zm. 29 III 1935 r.) i od połowy lat 20. XX w. był konsulem honorowym Danii w Łodzi, z siedzibą w jego pałacu przy ul. Piotrkowskiej 135. Miał trzech synów: Pawła Erika, Torbena Karola i Harry’ego. Został pochowany obok żony w części ewangelickiej Starego Cmentarza przy ul. Ogrodowej.
