Historia zna wiele ciekawych przypadków komunikowania się za pomocą szyfrów. Za „ojczyznę szyfrów” w czasach nowożytnych prof. Grzegorz Nowik uważa Wenecję, gdzie w początkach XVI w. istniało nawet stanowisko sekretarza ds. szyfrów. Funkcję tę pełnił Giovani Soro, z którego szyfrów korzystała nawet dyplomacja watykańska, a później cała Europa.
We Francji pierwsze biuro szyfrów, zwane „Czarnym gabinetem” stworzył Henryk IV Burbon. Jeden z jego założycieli Antoine Rossignol rozszyfrował wiele tajnych informacji dla Henryka II Burbon oraz kardynała Richelieu. Jego odkrycia przyczyniły się do pokonania hugonotów, m.in. upadku twierdzy La Rochelle.
W szesnastowiecznej Anglii szyfry łamał Thomas Phelippes – nadworny kryptolog królowej Elżbiety. To dzięki rozszyfrowanym informacjom królowa dowiedziała się o spisku na rzecz uwolnienia Marii Stuart i osadzenia jej na tronie, co przyczyniło się do decyzji o zgładzeniu Marii.
W XVIII wieku wyróżniał się austriacki gabinet szyfrów, prowadzony przez Ignaza de Kocha, jednego z najwybitniejszych kryptologów. W czasie wojen napoleońskich udało mu się rozszyfrować wiele tajnych listów największych dowódców w Europie – w tym samego Napoleona Bonaparte.
Wśród polskich władców, którzy do kryptografii przywiązywali szczególną rolę był Jan III Sobieski. W tym okresie sławę zyskał opar Michal Antoni Hacki, kryptolog, który na potrzeby króla odszyfrowywał zarówno korespondencję dyplomatyczną obcych mocarstw, jak i pisma polskiej, antykrólewskiej opozycji.
Więcej o korzeniach nowoczesnej kryptologii w książce Grzegorza Nowika „Zanim złamano Enigmę. Polski radiowywiad w okresie wojny polsko-bolszewickiej 1918-1920”.